Mutations, variations et Omicron “marocain”, un entretien avec le Pr El Fahim (CNRST)

Alors que certains pays font face à un raz-de-marée du variant Omicron, le Maroc a annoncé, mercredi 15 décembre, avoir détecté le premier cas de Covid-19 à Omicron.

Que sait-on de ce variant, rapidement classé comme "préoccupant" par l'Organisation mondiale de la santé ? Ses caractéristiques, tant sur le plan génomique qu'épidémiologique, appellent-elles à l'inquiétude ? Quelle est son origine ? Et comment se préparer à une éventuelle vague de contaminations au Maroc ? Voici les réponses du Pr El Mustapha El Fahim, directeur de la plateforme génomique fonctionnelle du Centre national de la recherche scientifique et technique (CNRST).

Médias24 : Qu'est-ce qu'une mutation ? Et qu'est-ce qu'un variant ? 

Pr El Mustapha El Fahim : Une mutation est un changement qui affecte le matériel génétique du virus. Lorsqu’on parle d’un virus à ARN (Acide RiboNucléique), il faut savoir que quatre lettres constituent son génome. Ce sont les fameuses bases azotées que l’on symbolise par les lettres A, U, C et G.

Lorsque l’une de ces lettres est substituée par une autre dans une position précise, on parle alors de mutation. Cela signifie qu’un changement a été opéré au niveau des bases azotées qui constituent le matériel génétique du virus. Ce matériel génétique code des protéines structurales ou non structurales (enzymes).

En somme, lorsqu’il s’agit d’un changement au niveau génomique, on parle de mutation. En revanche, lorsque le changement concerne les protéines, on parle alors de variation. Autrement dit, une mutation génétique peut causer une variation au niveau des acides aminés des protéines.

Un variant se définit par la signature de plusieurs mutations. Dans la classification des variants, l’Organisation mondiale de la santé se focalise sur les variations qui affectent la protéine Spike pour faire la distinction entre le variant préoccupant, celui à surveiller ou encore celui sans intérêt.

- Pourquoi faut-il se focaliser sur la protéine Spike en particulier ?

- Il s’agit de la protéine la plus représentée sur la surface du virus. Ce dernier l'utilise pour entrer dans les cellules. Toutes ces variations vont donc affecter la capacité du virus à pénétrer dans les cellules et faire en sorte qu'il se transmette plus rapidement.

La protéine Spike est aussi la plus antigénique. C’est contre elle que les anticorps vont se diriger. S’il y a des variations au niveau de la protéine Spike, il se peut que certains anticorps ne soient plus capables de se fixer sur elle, et ne soient donc pas en mesure de neutraliser le virus.

L'origine du variant Omicron trouvé au Maroc est une énigme. L’hypothèse qu'il soit importé est la plus vraisemblable.

- Qu’en est-il de la naissance du variant Omicron ?

- Tout d'abord, il convient de préciser que le variant Omicron en est à 32 variations au niveau de la protéine Spike, contre 10 variations pour la protéine Spike du Delta.

Quant à l’origine du variant Omicron, il s’agit d’une énigme scientifique. Son ancêtre devrait être le Delta, mais celui-ci n’avait que 10 variations à son arrivée au Maroc il y a près de sept mois. Comment a-t-il pu en gagner vingt aussi rapidement ? Certaines hypothèses tentent de répondre à cette question, mais il ne s’agit, à ce stade, que de simples hypothèses.

En 2021, la moyenne de cumul des variations de ce virus est de 2 à 3 variations par mois. Il lui aurait donc fallu dix mois pour gagner ces vingt variations. Mais nous n’avons pas détecté de protéine Spike chez le Delta avec progressivement 18, 20, 22, 24, 26 ou 28 mutations ; nous sommes passés de 16 à 32 variations.

Au Maroc, pendant 6 à 7 mois, nous avons calculé les mutations du variant Delta et avons constaté, dans le cadre du séquençage génomique, qu’il est passé de 10 à 16 mutations sur cette durée. L’hypothèse que le variant Omicron soit importé est donc plus vraisemblable.

L’hypothèse de son évolution au Maroc se base sur des données épidémiologiques du cas index, c’est-à-dire du premier cas détecté, puisque cette personne n’a pas voyagé et n’a pas été en contact avec des personnes ayant voyagé. Cela dit, elle a peut-être été en contact indirect avec une personne rentrée de voyage, c'est-à-dire un porteur sain n'ayant pas été détecté.

Dans tous les cas, nous analyserons, dans les prochains jours, d'autres génomes Omicron. Si l'on découvre des cas positifs qui n'ont rien à voir avec le cas index, cela renforcera l'hypothèse du cas importé.

- Que sait-on, à ce jour, du variant Omicron, tant sur le plan génomique qu'épidémiologique ?

- Sur le plan génomique, nous avons des programmes qui nous permettent d’étudier l’impact de chaque mutation. Autrement dit, ces programmes nous permettent notamment de connaître sa capacité de fixation au récepteur et de savoir s'il permet l’échappement vaccinal.

On peut dire que ce variant peut être théoriquement plus virulent et qu'il peut se propager plus rapidement. Compte tenu de ses mutations, Omicron a la potentialité d’échapper à certains anticorps issus de la vaccination.

Les données épidémiologiques, elles, sont celles des pays qui font déjà face à la vague Omicron. En Afrique du Sud, ce variant, en l’espace de trois semaines, a complètement remplacé le variant Delta. 90% des cas y sont désormais des cas Omicron. En revanche, le nombre d’hospitalisations et de cas graves est inférieur à celui enregistré durant la première vague Delta.

En somme, le variant Omicron se propage vite mais demeure moins virulent au sein d'une population sud-africaine qui est, soulignons-le, relativement jeune. Nous ne savons pas quel sera son impact sur la population marocaine. Il faudra donc se préparer.

- Quelles sont les mutations et variations identifiées au Maroc ?

- Depuis le mois d'octobre, nous étions en présence d’un sous-variant Delta, qui a perdu certaines variations et en a gagné d’autres. Le plus représentatif sur le territoire marocain était le AY33. Au Royaume-Uni, c'est le AY4.22, le plus effrayant avant l’apparition du variant Omicron.

Aujourd'hui, une centaine de sous-variants Delta ont été détectés dans le monde. Mais Omicron va dépasser le variant Delta et commencera, à son tour, à muter. Il existe déjà deux sous-variants Omicron : le BA1 et le BA2. La différence entre les deux est d'une grande importance : le sous-variant Omicron BA1 a une délétion dans la protéine Spike de deux acides aminés (69 et 70), appelée HV6970. Le sous-variant BA2 a, lui, récupéré ses deux acides aminés.

Concrètement, le BA1 peut échapper à certains anticorps. Si ces derniers se fixent sur les acides aminés 69 et 70, ils ne les trouveront pas et ne se fixeront pas. Or, lorsque les acides aminés existent, les anticorps peuvent se fixer dessus.

- Comment faut-il se préparer à une éventuelle vague de contaminations du variant Omicron ? 

- Il faut s'y préparer en fonction des informations reçues de pays étrangers. Il s'agit d'un virus qui se propage très vite. Même si l'on suppose qu’il sera moins virulent, il n'empêche que le nombre de cas va augmenter. C’est ce qui se passe aux États-Unis, en Angleterre, etc.

Il est donc nécessaire de reprendre les gestes barrières, surtout que nous sommes bientôt en hiver et en période de grippe. Il vaut mieux être précautionneux pour éviter que le virus n'atteigne la tranche la plus fragile de la population. Et ce, qu’elle soit vaccinée ou non. Selon les données expérimentales, l’efficacité des vaccins a diminué avec le variant Omicron.

Le vaccin n’empêche pas la propagation du virus mais réduit les risques de cas graves et d’hospitalisation. Il faut donc booster notre immunité pour contrer l’éventuel échappement vaccinal qui caractérise le variant Omicron.