Par le biais d’une circulaire datée du 8 février 2021 (voir ci-dessous), le ministre de la Santé annonce la mise à jour du manuel de procédures de veille et de riposte à l’infection au Covid-19, fondée sur les nouvelles évidences scientifiques relatives à la pandémie et sur les dernières recommandations du Comité national technique et scientifique.  

Bien que les indicateurs de la situation épidémiologique convergent vers une évolution positive, la baisse du nombre de tests interpelle le ministre. Selon lui, "il a été observé une diminution du nombre de tests réalisés, malgré la dotation des régions en quantité suffisante de tests antigéniques rapides, ce qui rend difficile l’interprétation des données de surveillance au niveau de certaines régions". 

Or, la stratégie nationale de riposte "doit continuer à s’articuler sur les 3T: Tester - Traiter - Tracer, notamment avec la détection au niveau national du premier cas d'infection par le variant britannique, caractérisé par une transmissibilité plus élevée" souligne-t-il.

Objectif national: 129.200 tests par semaine

Le manuel de procédures de veille et de riposte prévoit, comme objectif opérationnel, d’assurer à différents niveaux (national, régional et provincial) une couverture par les tests (moléculaires et antigéniques rapides) d’au moins 300 tests par 100.000 habitants et par semaine. Soit un objectif cible au niveau national d'au moins 129.200 tests hebdomadaires ou 18.460 par jour.

Selon le ministère de la Santé, les Croup (Centres régionaux d'opérations d'urgence de santé publique) doivent établir les cibles par provinces et préfectures, selon les mêmes critères utilisés pour les cibles par régions réalisées par le ministère. 

Ci-dessus, "le seuil minimum de testing calculé", qui tient compte de l’objectif opérationnel de couverture par les tests de confirmation, de la situation épidémiologique actuelle ainsi que la production actuelle en termes de tests.  

"Surveil-Covid": nouvelle plateforme de transmission des données 

Si les définitions d’un cas et d’un décès Covid restent inchangées dans ce nouveau manuel, le processus de surveillance a, quant à lui, été mis à jour. 

Dans ce sens, une plateforme de surveillance agrégée "Surveil-Covid" a été adoptée comme moyen officiel de transmission des données. Le bilan quotidien de la situation épidémiologique comporte désormais le total des tests PCR ainsi que celui des TAR (tests antigéniques rapides). 

Par ailleurs, lorsque ces derniers (TAR) s’avèrent négatifs chez "un cas suspect", un test RT-PCR devra être "systématiquement" réalisé. Un cas suspect signifie ici, toute personne ayant des facteurs de risques ou lorsqu’il y a "une forte suspicion clinique". 

Prolongation de la durée d’isolement des cas contacts de 7 à 10 jours 

Selon cette mise à jour, le dépistage des contacts peut également être effectué avec des tests antigéniques rapides. 

Ces cas contacts doivent être testés 5 à 6 jours après leur dernier contact avec le cas confirmé, dit "indexe", et devront s’isoler à domicile pendant une durée de 10 jours au lieu de 7, à compter de ce dernier contact. 

Concernant les clusters, la mise à jour du manuel de procédures de veille et de riposte prévoit la "caractérisation génétique des souches circulantes" et la "réalisation de prélèvement pour séquençage" dans certaines conditions et en concertation avec le Cnousp.

En effet, la surveillance de la naissance de clusters et les séquençages génomiques qui s'en suivent font partie, selon les récentes explications du Pr. Abderrahmane Maâroufi, du plan national de surveillance génomique, renforcé depuis l'apparition de nouvelles souches du coronavirus.  

Réinfection au Sars-CoV-2: les critères de définition et procédure de notification

Selon le manuel de procédures de veille et de riposte, les cas de réinfection par le Sars-CoV-2, bien que rares, sont possibles. Mais "aucune définition largement acceptée de réinfection" n’existe actuellement. 

Cela dit, à travers ce manuel, le ministère de la Santé indique les critères d’un cas probable et ceux d’un cas confirmé de réinfection. 

Le premier est celui de toute personne symptomatique ou non, chez qui le Sars-CoV-2 a été détecté avec une confirmation de test PCR ou test antigénique rapide, avec antécédent d’infection confirmée datant de 60 jours ou plus. 

Quant au cas confirmé de réinfection, le ministère lui donne deux définitions. La première est celle de "tout cas probable, chez qui le séquençage des 2 souches de la 1ère et de la 2e infection montre des différences significatives". 

La seconde est celle de "tout cas probable, chez qui le séquençage de la 2e souche montre un variant qui n’était pas en circulation au moment où la première infection avait eu lieu". 

Le même protocole de prise en charge est appliqué aux cas réinfectés. Cela dit, dès la détection d’un cas de réinfection, le Cnousp doit être notifié "immédiatement par téléphone", notamment pour une validation de la définition du cas présumé ou probable.

Puis une notification écrite doit suivre dans les 24H "afin d’organiser l’acheminement des prélèvements vers le laboratoire compétent".